1.对于企业基础管理水平的要求不同。精益讲求的是循序渐进，在真正实现以需求拉动式的准时化生产前，对企业的5S目视化与设备自主保全体系以及员工的多技能等方面都有较高的要求，否则拉动不能实现，或者短期局部的拉动也因为设备、人员、品质的变动而不能够有效维持，这也是众多企业家担心的“反弹”；六西格玛法明确了企业存在的目的是赚取利润，对于处于不同水准的企业通过界定自身的问题而开展持续的DMAIC循环活动，并不是说处于3西格玛以下的企业不适合推行六西格玛，事实上它适合于各行各业不同水准的企业。
2.思想范畴不同。精益立足于拉动式的准时化生产，消除的是在企业生产活动中产生的在工在库的浪费，精益思想追求的是用最佳的资源配置来最快的满足顾客的要求。六西格玛法是一种得到科学优化的解决问题的思想流程，在没有界定问题的核心之前，避免盲目行动，如同现代管理中的戴明循环一样，六西格玛所倡导的DMAIC成为企业解决核心问题的思想武器，企业应用六西格玛既可以解决直接生产部门的问题，也可以解决研发、销售以及采购等间接生产部门的问题，精益生产是企业运用六西格玛法消除企业生产中浪费的一件利器。
3.解决问题的出发点不同。精益生产以减少7种MUDA为核心目标，直接对症下药，六西格玛则从顾客的要求（VOC/VOB/COPQ）出发，（六西格玛的六大特征），通过自上而下的政策方针展开，列出所有需要解决的课题，从中选择对顾客最具影响力的课题作为六西格玛课题实施。
4.对财务效果的认识不同。精益生产方式的实现，因为7种浪费的消除或减少，主观上对企业的财务经营产生贡献，客观上这种贡献的大小对企业财务环境的影响没有经过科学分析和规划（财务贡献或许是微乎其微的），六西格玛的一个直接特征就是以财务成果为中心，运用帕雷托法则选择最能为企业带来利润的课题来实施，也就是说不赚钱或赚钱少的课题不被优先选择。
5.系统化的工具使用。精益生产在解决问题时更多地依赖专家的经验，应用了顾客价值流分析，动作分析和时间测定，工厂设施布置技术，Jidoka(自动化)和防错法，多能工的训练，5S/TPM等多项技术。六西格玛法可以应用包括上述工具在内的一切可以应用的工具，但不是各种工具的简单堆砌，而是逻辑性地将各种工具有机地结合在一起，掌握了这一方法，既是不是某一领域的专家，也可以快速地逼近解决方案。
6.统计知识的应用。相比精益生产而言，六西格玛法应用了大量的统计技法，通过对指标进行量化和分析，来验证你所作出的判断，从而避免解决问题时的凭经验，凭直觉，或者想当然。经验固然重要，六西格玛法集中了团队组织中全体智慧，把实际问题转化为统计问题（建立数学模型)
现在越来越多的公司已经把两者结合，即所谓的“精益六西格玛”，而实际上两者也确实有不可分割的联系，比如在工具方法里都强调5S的重要性，把它作为实施的基础。
